משאבות שפכים פועלות לרוב במים שאינם נקיים, ולכן הרגלי תחזוקה קטנים יכולים להשפיע על חיי השירות. לפני תחילת העבודה, יש לבדוק את הכבל, אזור האיטום, אוגן היציאה והברגים. משאבה לא אמורה לפעול לאורך זמן כאשר מפלס המים נמוך מדי, מכיוון שחיקת החום והאטם עלולים לעלות במהירות. אם צליל המשאבה משתנה או שהזרם הופך גבוה מהרגיל, עדיף לעצור ולבדוק את האימפלר והמעבר לפני שהבעיה תגדל.
בשימוש קבוע, יש לנקות את הבאר הרטובה כאשר מצטבר יותר מדי חול או סיבים. גם צימוד שסתום הסימון ומסילות ההדרכה זקוקים לבדיקה, מכיוון שמקום ישיבה לקוי עלול לגרום לזרימה לאחור ולרעידות. כאשר משאבה מאוחסנת כיחידה חילוף, יש לסובב את האימפלר ביד מעת לעת במידת האפשר, וקצה הכבל צריך להישאר יבש. שלבים אלה הם בסיסיים, אך הם עוזרים להימנע מבעיות רבות באתר הנפוצות.