משאבת ביוב אנכית מותקנת לרוב בבור, בור או מיכל שבו שטח הרצפה מוגבל. לפני ההתקנה, מדוד את עומק המיכל, מפלס הנוזל הרגיל ואת רמת העבודה הנמוכה ביותר. הכניסה צריכה להישאר מתחת לנוזל במהלך הפעולה. האזור העליון צריך גם מקום להרמה, בדיקה ושירות מוטורי. אם המשאבה קרובה מדי לקיר, הניקוי ובדיקת הכבלים הופכים קשים יותר.
תמיכה בצנרת היא גם חשובה. לצינור הפריקה צריך להיות נקודות תמיכה קבועות, מכיוון שצינור רופף עלול למשוך את גוף המשאבה במהלך הריצה. יש להרחיק את כניסת הכבלים, מכסה המנוע והמחברים מהתזות או נוזל מאכל. משאבת ביוב אנכית לא אמורה לפעול לאורך זמן כאשר מפלס הבור נמוך מדי. כניסת אוויר עלולה להפחית את הפריקה ולפגוע ביחידה.
בדיקות יומיות צריכות להיות פשוטות. צפו בזרימת הפריקה, הקשיבו לרעש חריג, ובדקו האם המשאבה מתחילה בצורה חלקה. הסר סיבים, חצץ או לכלוך מושקע לפני שהם חוסמים את הכניסה. משאבת ביוב אנכית עובדת היטב בבורות ביוב צרים, בורות מפעל ונקודות ניקוז של בניין כאשר הדגם נבחר לפי גובה הרמה, סוג נוזל, תכולת מוצק ומרחב ניקוי. שמור רישום שירות פשוט עבור כל בדיקה. שימו לב למפלס הנוזל, לרעש המשאבה, למצב הכבל ולכל עבודת ניקוי לפני מחזור הפעולה הבא.